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  • 前沿交叉研究院生物信息學中心專題培訓班的通知

    聯系人:段榮靜聯系方式:13770919141發布時間:2022-01-04

    為了提升生命科學與生物信息學的學科交叉,幫助我校師生尤其是研究生新生利用生物信息學技術更好地開展科學研究,前沿交叉研究院生物信息學中心計劃舉辦系列相關培訓。116-19日,中心將邀請在全基因組關聯分析、分子進化分析等領域具有豐富經驗的一線科研人員主講,結合具體實例深入詳細地開展培訓,歡迎有興趣的老師和研究生報名參加。
    一、培訓內容及安排:
    培訓一:全基因組關聯分析培訓
    培訓時間:116-17
    培訓費用:800/
    培訓地點:待定
    培訓內容:
    1.全基因組關聯分析培訓
    1)全基因組關聯分析簡介;
    2)表型數據分析;
    3)基因型數據分析;
    4)連鎖不平衡估計;
    5)群體遺傳結構推斷;
    6)一般線性模型(GLM)與混合線性模型(MLM)方法;
    7)限制性兩階段多位點全基因組關聯分析(RTM-GWAS)方法。
    主講人:
    甘祥超教授:南京農業大學農學院/前沿交叉研究院教授,博士生導師。
    主要從事基因組學、生物信息及大數據分析的研究,在基因表達數據分類及智能化識別、全基因組序列組裝、種內及種間數據比較和關聯分析等研究中取得了一定成績,以第一申請人身份獲得大數據分析及智能化識別方向美國專利一項,以第一或通訊作者身份在Nature、 Nature Plants、Nuclear Acid Research、PLOS Genetics等本領域的頂級刊物上發表多篇論文,以合作者在Nature、Science、Cell、Genes and Development、Current BiologyGenome Research等刊物上發表論文二十余篇。積極參與了多個大型國際基因組研究項目,包括1001 擬南芥基因組研究,碎米芥基因組研究,小鼠基因組項目,CONVERGE抑郁癥項目等。
    賀建波博士:南京農業大學農學院講師。
    主要從事數量遺傳與進化分析相關的理論方法研究工作,拓展了雙列雜交設計的位點組分析方法為主-微位點組分析方法,發展了基于格子設計的數量性狀基因定位方法,提出了適用于群體遺傳和育種應用的限制性兩階段多位點全基因組關聯分析(RTM-GWAS)方法,開發了相應的全基因組關聯分析與育種優化組合設計的計算機軟件。主持國家自然科學基金青年科學基金項目1項,國家重點研發計劃項目課題任務1項,中央高?;究蒲袠I務費項目1項。發表SCI論文9篇、中文核心期刊論文9篇。獲授權計算機軟件著作權1項,發明專利1項。參編國家級規劃教材《試驗統計方法》(第五版)。
    培訓二:分子進化分析培訓
    培訓時間:118-19
    培訓費用:800/
    培訓地點:待定
    培訓內容:
    1. 分子進化與系統發生
    1)同源基因介紹,核酸序列比對方法介紹,核酸替換模型介紹,遺傳距離計算方法演示;
    2Codon替換模型(Ka/Ks計算方法)、蛋白替換模型介紹;
    3基因系統發生樹構建。
    2. 群體遺傳學與群體基因組學
    1)群體多樣性概念,基于重測序的遺傳變異(SNP與小INDEL)檢測方法;
    2)基于SNP的群體遺傳參數計算(π,Tajimas D, ...);
    3)受選擇位點、馴化位點的檢測手段;
    4)選擇壓力分析(Codeml)。
    3. 比較與進化基因組學
    1)基因組多樣性
    介紹基因組大尺度變異(SV+CNV)形式、基因組比對方法;介紹泛基因組相關概念和分析思路;介紹單倍型分析、共線性分析;
    2)物種起源與分化研究
    解釋基因樹與物種樹的區別,以水稻為例講解如何構建物種樹,如何依據系統發生關系追溯作物的起源與馴化歷史。
    主講人:
    王龍博士:南京大學生命科學學院副教授,博士生導師。
    主要從事植物分子進化與基因組變異研究,聚焦“植物基因組變異產生的分子規律與機制及其對基因功能演化的影響”,致力于利用生物信息學手段嘗試解答植物基因組演化特征與規律。以第一或者通訊作者身份在Nature、PNAS、Genome Biol、PLoS Biol、MBESCI期刊發表了十余篇文章。目前主持國家自然科學基金面上項目2項(在研)、青年科學基金項目1項(已結題),2020年入選第六屆中國科協青年人才托舉工程。
    袁陽博士:南京農業大學農學院講師。
    主要從事小麥抗病育種,小麥起源進化等方向的研究工作,研究了小麥特異基因的序列、表達和進化,參與了小麥赤霉病、白粉病等多個基因的克隆工作。在PNAS、New Phytologist、BMC genomeics、Genomics等期刊發表了多篇論文。主持江蘇省青年科學基金1項,國家青年科學基金1項。參與農學院本科生和研究生《生物信息學》《高級生物信息學》等課程的教學工作。
    培訓三:BaseNumber-基于GPU加速的基因數據分析軟件培訓
    培訓時間:暫定117日晚上730-900
    培訓費用:免費
    培訓地點:線上
    https://meeting.tencent.com/dm/sbIMcCqFHbMb
    #騰訊會議:832-664-405
    會議密碼:112233
    手機一鍵撥號入會
    +8675536550000,,832664405# (中國大陸)
    +85230018898,,,2,832664405# (中國香港)
    培訓內容:
    遺傳變異的檢測目前大多基于CPU計算,計算速度較慢,所需硬件規格較高。GPU計算將極大的加速基因分型,克服GWAS等相關研究中的限速因素。生信中心與賽樂公司合作,已部署了基于GPU的基因數據分析平臺,特舉行相關培訓。
    1.BaseNumber-基于GPU加速的基因數據分析軟件培訓
    1)背景介紹;
    2)異構硬件加速原理;
    3BaseNumber加速基本原理;
    4BaseNumber性能指標;
    5BaseNumber胚系變異檢測流程簡介;
    6BaseNumber工具軟件使用方法簡介;
    7BaseNumber使用的注意事項。
    主講人:
    葛平博士:賽樂基因生物信息總監。
    葛平博士于2016年在美國中佛羅里達大學取得計算機博士學位(研究方向為生物信息學),之前分別在華中科技大學及武漢大學取得碩士及學士學位。先后在諾禾致源及蓮和醫療擔任生物信息總監,期間領導兩家公司開發癌癥基因檢測相關流程研發與驗證,以及科研項目數據分析與解讀。
    葛平博士在生信算法設計及高性能計算等領域擁有豐富的科研經驗,設計的組合算法極大提高了RNA結構分析的速度和準確性,具有國際領先水平。在頂級期刊及會議Nucleic Acids Research, Bioinformatics, RECOMB-Seq等發表生信算法論文10余篇,影響因子總和超過45分。
    二、培訓注冊:
    https://meeting.tencent.com/dw/sbIMcCqFHbMb?wxmode=1
    三、培訓聯系方式:
    聯系人:段榮靜(13770919141)、朱志濤(18551760304
    固定電話:025-84399042
    地址:理科南樓F214
    歡迎廣大師生踴躍報名!

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